Realizacja idei budowy Centrum (dziś Muzeum) Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha jest rezultatem zaskakującego łańcucha artystycznych inspiracji. Początków należy szukać w kolekcjonerskiej pasji i wspaniałomyślności Feliksa Jasieńskiego, który w roku 1920 swoją bezcenną kolekcję sztuki japońskiej ofiarował Muzeum Narodowemu w Krakowie. W roku 1944, w okupowanym przez Niemców Krakowie, część kolekcji Jasieńskiego wystawiona została w galerii w Sukiennicach i wówczas to ujrzał ją dziewiętnastoletni Andrzej Wajda. Pokazane tam dzieła japońskich mistrzów drzeworytów ukiyo-e przemówiły do młodego człowieka z niezwykłą siłą, otwierając przed nim świat nowych doznań, i zapadły głęboko w pamięć przyszłego reżysera. Po latach, gdy w roku 1987 artysta został laureatem prestiżowej Nagrody Kyoto (Kyoto Prize) Fundacji Inamori, przyznanej mu w uznaniu dla jego twórczości filmowej i teatralnej, Andrzej Wajda wraz z żoną Krystyną Zachwatowicz całą sumę nagrody (około 400 tysięcy dolarów) przeznaczyli na założenie Fundacji Kyoto – Kraków. Jej celem było wzniesienie w Krakowie budynku z przestrzenią ekspozycyjną dla kolekcji Feliksa Jasieńskiego oraz miejsca dla właściwego jej przechowywania.

Następnym ogniwem w łańcuchu wydarzeń stała się niewątpliwie działalność Etsuko Takano – wielkiej miłośniczki kina, która od początku kierowania studyjnym ośrodkiem filmowym Iwanami Hall przedstawiała tam filmy Andrzeja Wajdy. Ta znajomość przerodziła się w przyjaźń i zaowocowała niezwykłym oddaniem pani Takano dla sprawy Fundacji Kyoto – Kraków. Dzięki swojej niespożytej energii oraz wysokiej pozycji towarzyskiej i zawodowej Etsuko Takano utworzyła japoński Oddział Fundacji i pozyskała do współpracy znane w Japonii osoby: Yoko Ohtake – dyrektorkę Międzynarodowego Festiwalu Filmów Kobiecych, do dziś nadzwyczajnie oddaną sprawom Muzeum Manggha, oraz znaną pisarkę i dziennikarkę Chieko Akiyamę. Toshikuni Yahiro, prezes firmy Mitsui, został przewodniczącym Oddziału.

W roku 1989, w rezultacie obrad Okrągłego Stołu, Polska odzyskała niepodległość i dalsze działania Fundacji (zarejestrowanej w 1988 roku) nie spotykały już żadnych przeszkód ze strony władz demokratycznego państwa.

W ramach Komitetu Organizacyjnego Zbierania Funduszy japońskiego Oddziału Fundacji zorganizowano kwestę w całej Japonii, podczas której dziesiątki tysięcy ofiarodawców zebrało ponad milion dolarów.

W zbiórce uczestniczyli ambasador Polski w Japonii Henryk Lipszyc oraz Fundatorzy.

Związek Zawodowy Pracowników Kolei Wschodniej Japonii i jego przewodniczący Akira Matsuzaki przekazali Fundacji następny milion. Rząd Polski przekazał Fundacji sumę około trzech milionów dolarów z Polsko-Japońskiego Funduszu Współpracy, przyznaną Polsce przez rząd Japoński na pomoc żywnościową, która w tym czasie nie była potrzebna.

Władze miasta Krakowa i ówczesnego województwa krakowskiego to dalsze ważne ogniwa tego łańcucha. Prezydent Krakowa (jeszcze w czasie PRL) Tadeusz Salwa wskazał lokalizację. Po 1989 roku wojewoda Tadeusz Piekarz i prezydent miasta Józef Lassota nieodpłatnie przekazali Muzeum Narodowemu działkę wybraną przez Aratę Isozakiego.

Ten światowej sławy architekt podarował Fundacji swój projekt, co pozwoliło na skierowanie wszystkich pozyskanych środków bezpośrednio na budowę.

30 listopada 1994 roku – siedem lat po otrzymaniu przez Andrzeja Wajdę Nagrody Kyoto – Centrum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha zostało otwarte dla publiczności. W ten sposób został osiągnięty cel, jaki Fundacja postawiła sobie w chwili jej założenia.

Przez pierwsze dziesięć lat Centrum Manggha było oddziałem Muzeum Narodowego w Krakowie. Od 2005 roku Centrum funkcjonowało jako jednostka samodzielna, a w 2007 roku uzyskało status Muzeum.

Andrzej Wajda zmarł w 2016 roku. W swoim testamencie postanowił, że tantiemy z jego filmów trafią do Fundacji Kyoto – Kraków i zostaną przeznaczone na stypendia dla uzdolnionej artystycznie młodzieży oraz dla studentów Szkoły Wajdy (Wajda School) w Warszawie.

Krystyna Zachwatowicz-Wajda mogła zrealizować ten testament w 2019 roku i od tego czasu Fundacja, oprócz stypendiów, przyznaje także Nagrodę imienia Andrzeja Wajdy oraz kontynuuje współpracę z Muzeum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha i wspiera Szkołę Języka Japońskiego, której siedzibę zbudowała w 2005 roku. Budynek ten stanowi własność Fundacji.

Fundacja Kyoto – Kraków, działając jako organizacja pożytku publicznego, wciąż aktywnie wspiera podejmowane przez Muzeum Manggha przedsięwzięcia, a głos doradczy Zarządu i Rady Fundacji są nie do przecenienia.