Muzeum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha zostało powołane do życia z inicjatywy Andrzeja Wajdy i otwarte w 1994 roku jako Centrum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha. Przez pierwszych dziesięć lat istnienia stanowiło oddział Muzeum Narodowego w Krakowie, będąc zarazem miejscem aktywnej działalności Fundacji Kyoto – Kraków im. Andrzeja Wajdy i Krystyny Zachwatowicz. W roku 2005, usamodzielnione decyzją Ministra Kultury, otrzymało status państwowej instytucji kultury, a od roku 2007 działa jako placówka muzealna. 

Zgodnie z ideą Fundatorów, Manggha miała stanowić „dom dla kolekcji sztuki japońskiej”, zgromadzonej głównie przez Feliksa Mangghę Jasieńskiego, a przechowywanej od 1920 roku w Muzeum Narodowym w Krakowie. Zbiory Sztuki Dalekiego Wschodu Muzeum Narodowego w Krakowie zostały ostatecznie w 2009 roku przejęte w depozyt przez Muzeum Manggha.