Muzeum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha zostało powołane do życia z inicjatywy Andrzeja Wajdy i otwarte w 1994 roku jako Centrum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha. Przez pierwszych dziesięć lat istnienia stanowiło oddział Muzeum Narodowego w Krakowie, będąc zarazem miejscem aktywnej działalności Fundacji Kyoto – Kraków im. Andrzeja Wajdy i Krystyny Zachwatowicz. W roku 2005, usamodzielnione decyzją Ministra Kultury, otrzymało status państwowej instytucji kultury, a od roku 2007 działa jako placówka muzealna. 

Zgodnie z ideą Fundatorów, Manggha miała stanowić „dom dla kolekcji sztuki japońskiej”, zgromadzonej głównie przez Feliksa Mangghę Jasieńskiego, a przechowywanej od 1920 roku w Muzeum Narodowym w Krakowie. Zbiory Sztuki Dalekiego Wschodu Muzeum Narodowego w Krakowie zostały ostatecznie w 2009 roku przejęte w depozyt przez Muzeum Manggha.

Muzeum Manggha jest jedyną państwową instytucją popularyzującą kulturę japońską w Polsce, która łączy działalność muzealną z organizacją przedsięwzięć typowych dla nowoczesnej instytucji kultury. Głównym kryterium tworzenia programu wydarzeń jest, oprócz wysokiej rangi artystycznej, atrakcyjność pokazu dla publiczności. Ze względu na wyraźne różnice kulturowe, kluczowym staje się sposób zaprezentowania odległej i często niezrozumiałej wiedzy specjalistycznej. Metody, jakie przez lata zostały wypracowane przez zespół Muzeum Manggha pozwalają na wnikliwą i atrakcyjną prezentację zjawisk związanych z Japonią dawną i współczesną.